L'ex complesso conventuale di San Domenico a Fondi venne edificato ai confini del castrum romano di cui ingloba le mura. Il Convento fu donato a San Domenico dai Benedettini dell’antica Abbazia di San Magno per volere del Conte Ruggiero dell’Aquila, il quale finanziò anche il primo restauro (XII secolo) del complesso.
San Tommaso d'Aquino vi si recava spesso per far visita alla cara sorella Adelasia, contessa di Fondi, moglie di Ruggiero dell'Aquila.
Durante la contesa tra Fossanova e Tolosa vennero ivi custodite per lungo tempo le reliquie del Dottore Angelico sotto la protezione dei frati domenicani e del conte Onorato I Caetani.
Un secondo restauro, risalente al 1466 fu operato dal Conte Onorato II Caetani d'Aragona che lo riedificò quasi dalle fondamenta, come è scritto sull'architrave marmoreo della chiesa che reca anche lo stemma dei Caetani. A lui si deve anche la sistemazione del chiostro quadrato, con ampio portico a bassi pilastri ottagonali e ad archi ogivali.
Altri eventi rilevanti in ordine cronologico:
• Nel 1534 la chiesa fu saccheggiata dal Barbarossa;
• Nel 1652 venne chiusa al culto per ordine del papa Innocenzo X;
• Nel 1675 il papa Clemente X restituì il convento ai Domenicani;
• Nel 1727 il papa Benedetto XIII volle dimorare nel convento in occasione di un suo passaggio;
• Dal 1830 al 1995 il complesso ha ospitato l'ospedale civico fondato nel 1629 su iniziativa dei frati Spedalieri dell'ordine di San Giovanni di Dio (Fatebenefratelli);
• Dal 2004 la ex chiesa ospita l' auditorium comunale intitolato al prof. Sergio Preti;
• L'ex complesso conventuale è invece di competenza regionale ed è gestito dal Parco Naturale Regionale Monti Ausoni e Lago di Fondi.