Una magica armonia geometrica e uno stile rigorosamente essenziale caratterizzano l'interno della chiesa improntato, secondo i dettami cistercensi, a una voluta assenza di decorazioni.
La maestosa aula a croce latina è articolata in tre navate, cadenzate da pilastri fra cui si aprono, in sequenza, gli archi di passaggio.
Le ardite campate ogivali della grande navata centrale, sottolineate da movimenti architettonici in forte aggetto, sono esaltate dai giochi di luce che si diffondono dal rosone e dalle slanciate finestre monofore.
Sullo sfondo, un’ampia abside quadrangolare contorna l'altare maggiore, avvolto in un’atmosfera calda e rosata che si propaga dalle lastre di alabastro che richiudono tre sobri finestroni. L’altare attuale ripete sicuramente il luogo di quello che fu solennemente consacrato da Innocenzo III il 18 giugno del 1208.
Nella parte alta dell’abside è ancora conservata una chiara testimonianza della riconoscenza dei Cistercensi nei confronti di questo papa, uno dei principali “sponsor” nello sviluppo di Fossanova.
Si tratta della raffigurazione di una croce a tre bracci, divenuta in quegli anni, proprio per volere dello stesso Innocenzo III, simbolo del papato. La croce doveva già esistere nel 1208, anno della solenne consacrazione: la scelta del luogo in cui collocarla, il più alto possibile sopra l’altare, fu certamente il frutto di una sapiente strategia politica che sigillava ufficialmente e visivamente un patto di alleanza con il papato.
Navate, transetto, abside e cappelle sono coperti da ardite volte a crociera; su queste, restauri recenti hanno disvelato grandi porzioni dell’originaria decorazione pittorica che imita un paramento in mattoni.
Fossanova, a 100 Km da Roma, è tappa obbligata lungo quell’itinerario culturale riconosciuto come VIA FRANCIGENA nel SUD, che raccorda i tanti fasci di strade che, nel Medioevo, conducevano viandanti e pellegrini da Roma verso il sud della penisola, e viceversa, alla volta dei più ambìti luoghi di fede. Il tratto che attraversa il territorio privernate è ricco di suggestioni storiche, artistiche e paesaggistiche e si percorre a piedi, in bicicletta o a cavallo.
Da Fossanova, il cammino si snoda lungo le leggendarie sponde del fiume Amaseno per raggiungere il Parco di San Martino, salire poi a Priverno e al suo centro storico e ritornare in pianura, fino al Parco Archeologico Privernum.
Nel giardino posto di fronte all’Abbazia, il 22 maggio 2022 è stata posta una targa in memoria di Alberto Alberti, pellegrino e appassionato visionario della via Francigena del Sud, fondatore del “Gruppo dei Dodici”.