Ex cattedrale (Fondi fu sede vescovile per lungo tempo), la chiesa di San Pietro apostolo è collocata lungo il fianco destro del palazzo comitale, raggiungibile passeggiando su corso Appio Claudio. La tradizione vuole che questo edificio sia sorto sui resti di un tempio dedicato a Giove e che, al passaggio dell’apostolo Pietro, si sia creato il nucleo di ritrovo della prima comunità cristiana a Fondi. San Paolino da Nola, agli inizi del V sec., qui fece costruire, in luogo di una chiesetta ormai cadente, un edificio di maggiori proporzioni.
L’aspetto attuale si deve alla famiglia dei conti dell’Aquila (intorno al 1130) e ai successivi interventi della famiglia Caetani.
La chiesa di San Pietro, scrigno di tesori inestimabili, conserva sostanzialmente inalterata la struttura tardo-duecentesca. La particolare forma a vela della facciata rappresenta l’idea di una Chiesa come nave che attraversa i flutti dei secoli. Il fianco destro presentava simmetricamente la medesima linea, oggi non più visibile.
Nella facciata si legge una commistione di gotico e romanico; il portale strombato, in marmo di Carrara, presenta animali stilofori: a destra un leone e a sinistra un ariete sormontante un leone. Nell’architrave sono raffigurati: al centro Cristo assiso e benedicente, alla sua sinistra San Paolo, ed un cherubino con in mano un candelabro; alla sua destra San Pietro, San Giovanni Evangelista ed un cherubino che regge il turibolo. Nell’edicola marmorea, in stile gotico, una figura in trono è stata finora interpretata come San Pietro benedicente e se ne attribuisce la realizzazione ad Arnolfo di Cambio (1303) anche per la somiglianza con il San Pietro bronzeo in San Pietro di Roma.
La chiesa subì modesti interventi da parte di Onorato II. Egli si preoccupò, in particolare, della sistemazione della cappella “della Croce”, poi detta “del conte” in quanto ospitò il monumento funerario di Cristoforo Caetani, commissionato da Onorato II in omaggio al “fiero” genitore. Il meraviglioso mausoleo, alto complessivamente circa 3,20 m, è sostenuto da tre leoni sulla cui schiena stanno tre cariatidi o virtù: Forza, Carità (al centro, che sorregge due putti) e Prudenza, rappresentata con una serpe in mano; le tre figure femminili, slanciate ed eleganti, sostengono l’arca sepolcrale ma, più che altro, con le teste inclinate sembrano appoggiarvisi. L’arca è contornata di pregiati bassorilievi.
Ancora nella cappella della famiglia Caetani si custodiscono capolavori pittorici: il trittico della Maestà di Antoniazzo Romano (XV sec.) e quello dell’Annunciazione di Cristoforo Scacco (1499). Quest’ultimo, a fondo oro, che rappresenta l’Annunciazione tra i Santi Onorato e Mauro (cm. 215 per 230), si colloca nella fase tarda della produzione dello Scacco, interamente svolta in Italia meridionale (Itri, Capua, Piedimonte Matese, Capodimonte); l’opera fu commissionata dal Gaetani d’Aragona, come ricorda lo stemma all’estremità della predella, ma fu portato a compimento quando il conte era già morto. La tavola ha assunto un particolare significato come termine ante-quem rispetto alla querelle cronologica sulla costruzione del castello di Fondi, poiché Sant’Onorato è rappresentato con una miniatura del fortilizio tra le mani.
La navata maggiore termina con l’abside quadrangolare, coperta con volta a crociera ogivale ed illuminata da una monofora che si apre nella parete di fondo e che presenta una vetrata con San Pietro (XX secolo); al di sotto dell’arco absidale, un pregevole crocifisso dipinto su tavola del XII secolo. Il presbiterio è rialzato rispetto al resto della chiesa ed è costituito da moderni arredi marmorei; alle sue spalle, l’organo a canne costruito dai Fratelli Ruffatti nel 1950. La chiesa di San Pietro conserva altri reperti estremamente pregevoli, come il crocifìsso bizantino dell’VIII – IX sec., attualmente sospeso sull’altare, e il trono cosmatesco sul quale l’antipapa Clemente VII, nel 1378, ricevette la tiara papale dal conte Onorato I Caetani, dando vita allo Scisma d’Occidente. L’edificio vanta anche la presenza di due busti d’argento con le reliquie di San Sotero, dodicesimo pontefice della Chiesa Romana nato a Fondi all’inizio del II secolo, e di Sant’Onorato patrono della città.