Il complesso monastico, affiancato dal cimitero, nacque nel XII secolo come fortilizio dei Templari, i quali vi rimasero sino al 1312. Dopo la soppressione dell’ordine subentrarono i cosiddetti “Fraticelli Francescani”, eremiti che osservavano un’interpretazione ortodossa della dottrina del “Poverello d’Assisi”. Questi, com’è noto, trovarono rifugio anche a Bassiano, nella Grotta di Selvascura.
Il convento di San Francesco è costituito da un grande chiostro quadrangolare coperto da volte a crociera. Le 28 campate con cui è strutturato il chiostro sono decorate da altrettante lunette affrescate da Scene della vita di San Francesco d’Assisi con tanto di didascalie per ciascuna rappresentazione.
Un elegante pozzo al centro arricchisce maggiormente il chiostro. Pregevole è un grande affresco del Pomarancio presente nel refettorio del piano terra, in cui è raffigurata l’Ultima Cena, realizzato tra il 1576 e il 1586.
La chiesa è costituita da una sola navata e con un soffitto con volta a crociera. Si possono ammirare anche le cappelle disposte sul lato destro, riccamente decorate con affreschi. Una di queste ospita il Sacrario dei caduti dell’Egeo durante la Seconda Guerra Mondiale.