Il Museo civico di Fondi (detto in origine "Collezione archeologica") fu istituito nel 1877 dall'allora sindaco Giovanni Sotis, che lo inaugurò insieme al senatore Errico Amante nella sala capitolare al pianoterra dell'ex convento di San Domenico. Si tratta, quindi, del più antico museo della provincia di Latina. Il progetto di Sotis, nato in seguito all'incontro con il grande storico e epigrafista Theodor Mommsen, fu reso possibile dall' appoggio di Giuseppe Fiorelli, archeologo e capo della Direzione generale Antichità e Belle Arti del Ministero della Pubblica Istruzione. Pochi anni dopo, alla fine del secolo XIX, l'intera raccolta, comprendente per gran parte le numerose iscrizioni antiche recuperate da Sotis, oltre a una statua di Diana e a sette teste, fu trasferita in una delle celle dell'ex convento di San Francesco.
Dopo la Seconda guerra mondiale i reperti archeologici scampati alle distruzioni belliche, cresciuti di numero in seguito ai rinvenimenti casuali del primo quarantennio del Novecento, furono inventariati negli anni Cinquanta dall'archeologo Domenico Faccenna, che curò il nuovo allestimento dell'Antiquarium, collocando i manufatti in due locali del pianterreno adiacenti alla sala del capitolo (poi aula consiliare), e lungo le pareti del chiostro dello stesso convento di San Francesco. A Faccenna si deve, dunque, il primo inventario organico e scientifico del materiale antico del Museo, le cui schede tuttavia non furono utilizzate a corredo dei reperti allora esposti.
Nel 1997 è stata inaugurata nel Castello Caetani la prima tranche del nuovo Museo civico, il cui percorso espositivo è stato progettato dallo storico Giovanni Pesiri (sezione epigrafica di età romana; sezione medievale-moderna) e dall'archeologa Gilda Nunziata (materiali lapidei e fittili della sezione romana). In parallelo con l'ideazione del percorso espositivo i curatori hanno redatto l'inventario generale (digitale e cartaceo) degli oggetti fittili e lapidei di età romana, depauperati per via dei furti vandalici avvenuti nel corso degli ultimi decenni.
Attualmente solo parte delle opere risulta trasferita in questa sede: non sono ancora esposti, ad esempio, due reperti di particolare rilevanza: la statua del cosiddetto "vittimario", trafugata alcuni decenni or sono e ritrovata mancante della testa e di una gamba; i resti di architrave (lunghezza 7 metri) del I secolo d.C., forse pertinenti al macellum, venuti alla luce in Via Manzoni nel 1935. Il più recente "acquisto" della sezione romana è il sarcofago strigilato, databile al IV secolo d. C., recuperato nel 1998 grazie all'intervento del prof.
Emidio Quadrino.